De nombreuses activités en microbiologie sont menées au niveau des Centres Actia, et de leurs partenaires, tant au niveau des micro-organismes pathogènes que des flores technologiques et d’altération. Il est nécessaire et indispensable de faire jouer les synergies et de coordonner l’ensemble des actions de recherche, de développement, de communication et de formation, afin d’apporter des solutions aux entreprises et aux pouvoirs publics.

Les compétences des Centres sont ainsi animées au travers de deux sous-groupes :
qualité-sécurité des aliments et biologie moléculaire.

Réseaux mixtes technologiques
Contribution à la mise en place de trois RMT « Durée de vie des aliments », « Chlean » et « Florepro ». 

Programmes de recherche
Montage et conduite de programmes de recherche nationaux et européens, ou participation.

Réflexions prospectives
Identification des domaines de recherche non couverts et les besoins des industriels pouvant orienter de futurs travaux.

Méthodes analytiques
Constitution d’une bibliothèque de méthodes et d’une banque de données communes.
Mise en place d’une démarche de validation et de valorisation de méthodes.
Réalisation d’essais inter-laboratoires afin d’évaluer la robustesse des méthodes développées au sein de programmes Actia ou ANR (comme par exemple : méthode pour l’identification des levures, PCR multiplex d’identification des Campylobacter, multiplex PCR pour l’identification de Staphylococcus spp…).

Édition-Communication
Rédaction en cours d’un guide pratique « Sécurité et qualité des aliments - Outils d’évaluation de la qualité microbiologique des aliments ».

Participation à la rédaction de normes ou de guides.

Communication des compétences et des prestations des Centres Actia.