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Objectifs

Face à l’impact hautement négatif que peuvent avoir les crises sanitaires sur les filières alimentaires, disposer d’outils performants pour la surveillance, l’intervention et l’investigation des pathogènes est une nécessité. Grâce aux avancées de la génomique à haut-débit, la surveillance des dangers microbiologiques entre dans une nouvelle ère, celle du séquençage total des génomes (WGS).


L’UMT ACTIA ASIICS, basée à Maisons-Alfort, a pour ambitions de :

  • développer et rendre accessible les procédures de traitement de l’information génomique des dangers bactériens alimentaires Salmonella enterica et Listeria monocytogenes ;
  • valoriser les informations génétiques obtenues pour : i/ définir les marqueurs appropriés permettant de renforcer la prévention et l’investigation des crises ; ii/ généraliser et renforcer la surveillance des dangers bactériens via l’utilisation de bases de données partagées entre opérateurs des filières agro-alimentaires et organismes de surveillance.
Actions

Développer et transférer les procédures de traitement de l’information génomique globale des dangers microbiens, à partir de bases de données (BDD) intégrées :

  • développer et structurer l’outil de traitement des données WGS et informations associées;
  • séquencer les génomes complets de souches de Salmonella spp et L. monocytogenes issues des collections Anses et ITAI ;
  • générer des BDD partagées de l’information génomique entre Anses et ITAI.


Mettre en œuvre et utiliser les outils d’analyse WGS pour l’investigation et l’intervention en testant l’outil WGS dans deux situations épidémiologiques réelles, en filière porcine et laitière, pour :

  • étudier le profil de souches endémiques ;
  • investiguer leur circulation ;
  • définir des marqueurs génétiques rapides pour la détection ciblée des souches les plus à risques.