Association loi 1901, l’Actia est administrée par un conseil d’administration composé de représentants agro-industriels, de l’Ania, de Coop de France, de l’Anses, de l’Inra et de l’enseignement supérieur agronomique, agro-alimentaire et vétérinaire, ainsi que des Présidents du conseil scientifique et technique et du comité des Directeurs des Centres Actia.

En outre, sans être membres du conseil d’administration, sont systématiquement invités à assister à titre consultatif le contrôleur financier désigné par le ministre chargé du Budget, les représentants de l’État (ministère chargé de l’Alimentation, ministère chargé de la Recherche), ainsi que des directeurs élus d’ITAI et de Centres-interface.

Le conseil d’administration est notamment chargé de définir les grandes orientations de l’Actia, d’établir le programme d’activités pour le traduire en contrat d’objectifs et d’en suivre les indicateurs de réalisation. En parallèle, le conseil en précise les moyens d’exécution.