Si les conséquences des crises alimentaires sont importantes sur le plan sanitaire, celles sur le plan économique le sont autant avec des filières de production menacées à chaque épisode critique. Ainsi, notamment dans le cadre du Paquet Hygiène, il apparaît indispensable que les organismes assurant l’expertise auprès des acteurs publics et privés disposent d’outils et de méthodes comparables, ainsi que d’une capacité d’échange de données et d’informations réactive.

Quatre objectifs principaux
Concevoir, mettre au point et diffuser de nouvelles méthodologies d’expertise en matière de sécurité microbiologique des aliments, au travers de plusieurs projets de recherche.

Consolider l’expertise, dont les instituts techniques partenaires et l’Anses ont besoin en interaction avec les opérateurs industriels et les pouvoirs publics.

Procéder aux ressourcements et aux formations nécessaires à la pérennité des compétences à long terme.

Apporter une part active dans les différents réseaux nationaux d’expertise (Afnor, Anses, DGAL…) dans les domaines de sécurité sanitaire des aliments et des procédés.

Cette UMT, située à Maisons-Alfort, s'est achevée en 2011.

Action 1 : amélioration des méthodes moléculaires d’identification et de caractérisation des virus responsables de toxi-infection alimentaires épidémiques (ex. Norovirus) à des fins d’évaluation de la fiabilité des procédés de traitement et de la dimension épidémiologique dans les denrées.

Méthodologie : mettre en place, sur la base de la stratégie globale et des recommandations émises par le groupe CEN « Detection of viruses in food », des méthodes d’extraction et de détection des norovirus et du virus de l’hépatite A dans des matrices alimentaires. Il s’agira ensuite de développer, selon la même approche, des méthodes de détection spécifiques d’autres virus entériques problématiques.

Technologie : étudier l’impact des traitements technologiques et hygiéniques appliqués en industries agro-alimentaires sur les virus entériques et, sur la base des résultats obtenus, proposer des améliorations visant à accroître l’efficacité des procédés.

Épidémiologie : apporter des informations sur la prévalence et la charge en virus d’un échantillonnage de matrices alimentaires à risque de contamination virale élevé.

Action 2 : développement et transfert des méthodes de caractérisation des Escherichia coli vérotoxiques dans les produits.
Développement et transfert des méthodes performantes de caractérisation des Escherichia coli vérotoxiques dans les produits. Objets des dernières crises sanitaires, ces E. coli présentent à la fois une grande diversité et une forte prévalence sous des formes qui ne sont pas toujours toxiques. Il est donc indispensable, après les travaux de recherches conduits sur les gènes et leur expression, de disposer de méthodologies et de l’expertise nécessaire, pour identifier au plus tôt la nature exacte du danger rencontré lors des contrôles effectués par les opérateurs (charcuterie, boucherie industrielle, fromagerie…), telles que le prévoient les nouvelles exigences réglementaires.

Développement des outils de caractérisation par PCR temps réel sur les différents modèles moléculaires spécifiques des différents types caractérisés comme pathogènes, en utilisant plusieurs chimies (Taq Man, SyberGreen…).

Amélioration des méthodologies d’extraction des acides nucléiques bactériens depuis les aliments, facteurs limitants essentiels de la performance de ces méthodes en raison des inhibitions potentielles des réactions PCR.

Action 3 : développement et transfert de méthodes permettant d’extraire et de détecter rapidement les différentes toxines produites par Staphylococcus aureus et évaluation des conditions de production des toxines dans les produits.
Développement et transfert de méthodologie permettant de détecter rapidement et simplement, puis de confirmer la présence de toxines de nature et en concentration pathogène pour le consommateur. Dans ce cadre, l’objectif scientifique est également d’améliorer les méthodes d’extraction des échantillons de matrices alimentaires, de disposer des capacités de quantification transférables pour les toxines classiques et les toxines émergentes par test Elisa, ainsi que de mettre en place les moyens d’une confirmation de pointe, en utilisant les outils de chromatographie couplés à la spectrométrie de masse.

Action 4 : répartition et composition des micro-colonies constituant le microbiote persistant des surfaces d’ateliers de la filière viande.
Acquisition de connaissances relative à la répartition des cellules microbiennes (nombre et taille des micro-colonies), l’identité des micro-organismes, leur quantité et leur état physiologique (état dit viable non-cultivable) sur les surfaces d’ateliers de la filière viande après les opérations de nettoyage et de désinfection.

L’UMT a contribué à l’élaboration de méthodes moléculaires de détection et de caractérisation des virus entériques alimentaires et des Escherichia coli entéro-pathogènes (STEC), d’une méthodes ELISA pour quantification des entérotoxines de Staphylococcus aureus, de méthodes de prélèvements et de caractérisation des flores du surface dans les ateliers et enfin, de la structuration d’un réseau d’épidémio-surveillance de Salmonella associé à la standardisation des protocoles de génotypage de ce pathogène majeur.

Un certain nombre de ces thématiques ont également fait l’objet de participation à des projets nationaux de recherche, en particulier des projets ANR, FranceAgriMer et ONIEP. L’ensemble de ces outils a été rapidement mis à la disposition des professionnels du terrain soit sous forme de prestations de service au travers des Instituts techniques partenaires, soit sous forme de formations dispensées aux laboratoires internes des entreprises intéressées.

En termes de communication, les travaux de l’UMT ont conduit à la publication d’une trentaine articles scientifiques dont vingt publications internationales à comité de lecture, de la soutenance de deux thèses de doctorat et à plus de 40 communications orales ou affichées lors de congrès nationaux et internationaux.

Tout en gardant la même colonne vertébrale, l’UMT ARMADA (Application de la Recherche pour la MAitrise des Dangers dans les Aliments) et s’organise autour de nouveaux axes thématiques de recherche (pathogénicité des STEC, toxines de Bacillus cereus etc.). L’UMT ARMADA a été labélisée en décembre 2011 pour une durée de cinq ans.